Ulcerøs kolitt – et dykk inn i proteomet avslører regulerte signalleringsveier

Armin Schniers | Mar 2019 | |

Armin Schniers
Dipl.-Pharm.,
Institutt for farmasi,
UiT Norges arktiske universitet

Terkel Hansen
førsteamanuensis,
Institutt for farmasi,
UiT Norges arktiske universitet

Den globale insidensen av inflammatoriske tarmsykdommer (IBD), som inkluderer ulcerøs kolitt (UC) og morbus Crohn (MC), er stadig økende, spesielt i vestlige land. I Europa er det rundt 2,4 millioner hovedsakelig unge pasienter som er diagnostisert med IBD.1 IBD klassifiseres som en autoimmun sykdom hvor immunforsvaret er dysregulert på grunn av mikrobiota i tarmen og/eller miljøfaktorer.  Signalleringsveier som er involvert i IBD er ikke fullstendig kartlagt, men involverer trolig det adaptive og T-regulerte immunsystemet. Normalt blir UC beskrevet som en atypisk Th2 og MC som en atypisk Th1-mediert sykdom. Det meste av tilgjengelig informasjon angående signalleringsveier for IBD er basert på gentranskripsjonsdata, mens lite er kjent på proteomnivå og om hvilke mekanismer som er regulert mellom transkript på mRNA-nivå og de ferdige modne proteiner.  Vi har derfor undersøkt proteomet fra ubehandlede pasienter ved diagnosetidspunkt med friske kontroller for å identifisere hvilke proteinsignalleringsveier og endeprodukter som er regulert i tarmen hos IBD-pasienter.  Metode Rekrutterte pasienter var nylig diagnostisert med moderat til alvorlig UC ved Universitetssykehuset Nord-Norge (UNN) basert på etablerte kliniske, endoskopiske og histologiske kriterier. Ingen pasienter hadde mottatt antiinflammatorisk behandling før biopsier ble tatt. Totalt 6 pasienter ble inkludert i studien. Kontrollgruppen var 6 personer med normal kolonoskopi og histologi som deltok i kolonkreft-kontroller. Studien er godkjent av regional etisk råd (REK NORD).  Ekstraherte proteiner ble opparbeidet via en optimalisert «bottom-up» proteomikk-metode før resulterende peptider ble merket med isobar TMTsixplex og analysert ved hjelp av en Thermo Easy 1000 nLC koplet til et qExactive massespektrometer operert i data dependent topp 10 mode. For detaljer angående metoder vennligst se Schniers et al.2 Proteinidentifikasjon og kvantifisering ble utført ved hjelp av MaxQuant og Perseus, mens nettverksanalyser av regulerte proteiner ble utført ved hjelp av Cytoscape app ClueGO.  Resultater Vi identifiserte totalt 2366 proteiner, hvorav 168 proteiner ble identifisert med forskjellig ekspresjon ved...